La scoperta di una piccola necropoli paleoveneta, nel 1946, in Prato
della Valle, poco più a Nord dell’attuale cinta muraria, pone le
origini della città, quantomeno, nel I millennio a.C.Nel primo sec. d.C., in epoca augustea, è importante centro di comunicazione e sede di un “forum” (un centro d’incontri commerciali privato, organizzato per concessione statale).
Questo centro, probabilmente, venne gestito da un certo Enianus, e perciò indicato col nome di “Forum Enianum”: ma trovandosi il luogo anche anticamente su di una sopraelevazione del terreno della “motta”, si chiamò “Motta Eniana” formando poi il toponimo di Montagnana.
Del periodo romano rimasero il rudere di un “castelliero”, alto più di tre metri con base tondeggiante di diverse decine di metri, demolito nel secolo scorso, cippi funebri, monete e altri piccoli oggetti di metallo.
Durante la dominazione longobarda divenne “Caput Sculdasciæ” finché nel XI sec. risultò feudo a sè della Scodosia appartenente agli Obertenghi di Toscana.
Staccatisi dal ramo toscano, e allargati i loro possedimenti grazie ad un’accorta politica di matrimoni, dopo il 1165 presero il titolo di “Marchesi d’Este”.
Montagnana “estense” fu presa da Ezzelino III da Romano nel 1242, e le sue mura, all’epoca per la maggior parte lignee, furono date alle fiamme: lo stesso Ezzelino iniziò poi la costruzione di opere di difesa in muratura. Fu uno degli ultimi centri ad essere sottomesso al dominio di Ezzelino, e uno dei primi a ribellarvisi: famosa è rimasta la sconfitta del tiranno quando, nel luglio 1238, la cinse d’assedio durante il primo tentativo di conquistarla; in un’improvvisa e disperata sortita alcune decine di montagnanesi incendiarono il più importante belfredo in campo (una torre lignea che portava gli assalitori allo stesso livello delle difese), ignorando che al suo interno, per un’ispezione, vi fosse lo stesso Ezzelino assieme ai suoi più valenti ufficiali. Il signore da Romano si salvò a stento, ma molti dei suoi perirono.
Sconfitto Ezzelino nel 1256 a Cassano d'Adda, Montagnana fu libero Comune di Padova. Dopo un breve dominio Scaligero venne dominata dai Da Carrara, sotto la cui Signoria furono costruite le mura a Nord e a Sud, e anche la Rocca degli Alberi. Datasi a Venezia nel 1405, quando questa fece scomparire dalla scena i resti della famiglia Carrarese, conobbe notevole prosperità, grazie alle bonifiche dei terreni paludosi e alla introduzione della coltura della canapa compiuta dai veneziani.
Nel 1866, dopo l’occupazione napoleonica e quella dell’Impero Austro-Ungarico, entrò a far parte del Regno d’Italia. Nel territorio del Comune sono comprese le frazioni di Borgo S. Marco e località Frassine, Borgo S. Zeno e Cicogna.
