Alla fine del XII o nel corso del XIII sec., i Marchesi d’Este, che si erano estesi nel Polesine, eressero sull’Adige tre torri: una a Badia, una in mezzo al fiume, detta Francavilla, una a sinistra, a Masi.

Di ciò nulla rimase. Situata agli estremi della provincia di Padova, sulla strada che da Montagnana porta a Badia Polesine, chiusa tra due fiumi, il Fratta e l’Adige, ha avuto i natali certi verso il 1358 con la costruzione della vecchia chiesa distrutta nell’ultima guerra mondiale. Chiesa eretta ai piedi dell’argine del fiume Adige dove una rampa a due tratti portava più tardi ad un ponte di legno, sul quale transitavano tutti i cittadini che volevano portarsi o nel padovano o nel rodigino. I commerci si svolgevano per via fluviale con barche che sostavano spesso a Masi perché trovavano posti di ristoro e di riposo. Infatti, il fiume era la migliore via per i trasporti, da Verona al mare.

Masi, era una piccola stazione, cioè un luogo di fermata e pare che da questa, secondo alcuni, sia derivato il nome. Altri, invece, lo derivano dal nome latino “Mansum” piccolo appezzamento di terreno idoneo per la vita di una famiglia contadina. Dal 1600 in poi gruppi di frati di diversi ordini, alcuni provenienti dalla lontana Armenia, vennero a colonizzare i territori del Comune soggetti alle acque piovane. Nacquero, così, le ancora esistenti fattorie, come quella di San Felice con rispettiva chiesetta e celle dove si ritiravano i frati dopo il lavoro, la Fattoria Vallazza della Casaria, del Bulegotto, della Porsellata e di molte altre. Sui terreni, in qualche modo portati alla produzione trovarono lavoro centinaia di braccianti.
La popolazione doveva lottare duramente per sopravvivere poiché di quando in quando le rotte rabbiose dell’Adige la decimavano e, come se ciò non bastasse, era colpita anche dal colera.

In questo periodo il benessere e i commerci a causa delle lotte fra gli Stati confinanti, dei quali l’Adige era il limite, poterono crescere o diminuire a seconda del bello o cattivo tempo creato da questi. Verso la fine del 1700 e i primi del 1800, a Masi ebbero i natali: L’Abate Boaretti, filosofo e filologo di alta fama, Dall’Aglio stovigliere più volte premiato a Venezia e a Vienna dallo stesso Imperatore per le artistiche creazioni di ceramiche e l’artista Fausto Zonaro, pittore di corte dell’ultimo sultano di Costantinopoli.