Santa Margherita d’Adige prende il nome da S. Margherita Vergine e
Martire vissuta nel III sec. d.C. ad Antiochia, il cui culto venne
diffuso in occidente nei secoli XII e XIII e alla quale, fin
dall’inizio, fu dedicata la chiesa del paese.L’appellativo “d’Adige” ricorda, invece, che in antico il grande fiume attraversava tutta la zona fino allo sconvolgimento del 589, ricordato dallo storico dei Longobardi Paolo Diacono, quando l’Adige attraverso la Rotta della Cucca, nei pressi di Albaredo, invase le campagne e cambiò completamente percorso spostandosi più a Sud, nel letto attuale e lasciando la maggior parte del territorio montagnanese coperto da paludi e acquitrini, la cui bonifica richiese interi secoli di lavoro e si concluse qualche decina d’anni fa.
I primi documenti scritti che parlano di S.Margherita risalgono alla prima metà del XIII sec., ma molti reperti archeologici del primo sec. d.C. attestano l’esistenza di un villaggio in epoca romana. Per molti secoli le vicende di S. Margherita coincidono con quelle delle due Megliadino, con le quali (oltre che con Bresega) dopo il dominio longobardo, diventa feudo dei Marchesi di Toscana nel 966 d.C. e dei Marchesi d’Este nel 1001.
Nel 1163 esiste già una chiesetta con canonica che dipende però da Megliadino S. Fidenzio. Ma già nel 1260, cioè all’epoca della sconfitta e della morte di Ezzelino da Romano, S. Margherita si stacca da S. Fidenzio e diventa un Comune autonomo con proprio Sindaco e propria magistratura. Come tutto il resto del montagnanese passa sotto il dominio di Padova prima, dei Carraresi poi e infine della Repubblica di Venezia nel 1405.
Per iniziativa del Podestà Daniele Trevisan nel 1491 si fonde nel Comune di Montagnana (come avevano fatto, o stavano facendo, anche Saletto e S. Fidenzio). Divenne parrocchia indipendente tra il 1536 e il 1545, fu costruita una grande chiesa rinascimentale, devastata però da un terribile uragano il 29 luglio 1686, quando il campanile crollò sulla cappella maggiore distruggendola completamente.
Il Comune si compone del centro di S. Margherita e della frazione di Taglie.
