Il nome Merlara, secondo l’Olivieri (Toponomastica veneta), deriva dal
vocabolo latino merula che significa merlo, perciò nello stemma del
Comune di Merlara, dal 1930, vi sono due merli in campo bianco. In precedenza lo stemma del Comune merlarese era quello di una famiglia, dell’epoca medievale, che fu proprietaria del Castello in Merlara e che assunse, come proprio cognome, il nome del paese.
Alcuni reperti archeologici fanno supporre che il territorio merlarese sia stato abitato nell’epoca preromana e romana ed inoltre risale a quest'ultima epoca una lapide con un’iscrizione.
Nel periodo longobardo o franco l’esistenza di un abitato merlarese è provata da un documento che attesta la presenza, in Merlara, di una pieve, sostituita, nel secolo scorso, dall’attuale chiesa. E’ del 954 il documento nel quale compare, per la prima volta, il nome Merlara nella forma latina Merolaria. In base a tale documento sappiamo che Merlara appartenne al marchese Almerico e a sua moglie Franca, mentre un altro documento del 966, ci informa che Merlara passò sotto il dominio di Ugo, marchese di Toscana.
Dall’undicesimo secolo il montagnanese e Merlara furono soggetti al potere degli Estensi fino al 1242 quando Ezzelino da Romano vinse i suddetti Estensi. Dopo il dominio di Ezzelino, Merlara subì quello degli Scaligeri di Verona. Nel 1337 i Carraresi di Padova sconfissero gli Scaligeri e così il borgo merlarese finì sotto la signoria dei Da Carrara. Nel 1405 Venezia conquistò Padova e in conseguenza di ciò, Merlara passò sotto il dominio veneziano. Nel corso del milleseicento venne costruita la villa Barbarigo.
Il 1797 segnò la fine dello Stato di Venezia e da allora in poi Merlara seguì la sorte del Veneto che prima subì la dominazione austriaca, poi francese e di nuovo austriaca e che, infine, nel 1866, fu unito al Regno d’Italia divenuto Repubblica il 2 giugno 1946.
