Le origini di questo paese si perdono nella notte dei tempi.

Recenti scavi archeologici hanno riportato alla luce un villaggio paleoveneto del VI sec. a.C. con annessa necropoli. Significativa la scoperta di un cimitero della civiltà celtica e l’individuazione dei resti di numerose ville rustiche romane. Lungo una strada secondaria che porta a Montagnana è venuto alla luce un ricco insediamento d’epoca longobarda. L’abbondanza di questi ritrovamenti è dovuta alla felice posizione geografica del paese, bagnato anticamente dal fiume Adige (fino al 589 d.C.) e attraversato dall’antica strada romana Emilia – Altinate da cui forse prende il nome Megliadino.

Questa passava per la zona più o meno lungo l’attuale tracciato della strada Statale 10. Megliadino può anche derivare dal nome della famiglia romana “Melia” o da “milliarium” , la colonna che i romani mettevano lungo le strade principali per indicare la distanza (nel 1220 il paese era chiamato “Milliarini).
Il paese di Megliadino , che fin quasi all’anno 1000 non era associato a San Fidenzio, s’estendeva su un territorio molto vasto comprendente i Comuni di San Fidenzio, San Vitale, parte di Santa Margherita d’Adige e Bresega. L’appellativo San Fidenzio subentra nel 964 quando il vescovo di Padova, Gauslino Transalgardo, decise di trasferire il corpo del santo scoperto a Polverara, prima nella cattedrale padovana e poi, in seguito a vicende miracolose, a Megliadino.

Il 18 marzo 981 Gauslino, durante la visita pastorale, dedicò a San Fidenzio la chiesa che prima era intitolata a San Tommaso, facendone il principale centro religioso del montagnanese. In questo modo riaffermò il dominio di Padova sul nostro territorio contro le mire espansionistiche della diocesi di Verona. San Fidenzio, secondo la leggenda, è stato il terzo vescovo di Padova, morto martirizzato nel 168 d.C. In questi tempi tormentati da guerre quotidiane e continue scorrerie, fu costruita la chiesa-fortezza a tre navate, difesa da un fossato (come nei castelli) e rafforzata da torri. Inoltre, il vescovo istituì il mercato che fu il principale centro di scambio della zona e continuò fino al 1300. Nel XIII secolo la chiesa, in seguito ad una ristrutturazione, perde la sua caratteristica impronta romanica: un edificio a tre navate con il campanile posto davanti alla facciata della chiesa.

Questa grande torre con cuspide a forma di cono era unita ad essa da un camminamento lungo 5 metri, sorretto da due colonne. La chiesa subì nel tempo varie trasformazioni fino ad una nuova ristrutturazione avvenuta nel XVII secolo. Nelle visite vescovili è sempre descritta “bellissima” e dipinta in ogni sua parte. A questo proposito è utile ricordare che Jacopo q. Obizzone da San Fidenzio di Megliadino, in un documento del 1370, è registrato tra i discepoli di Giotto.

Nel 1888 questo simbolo della vita religiosa della comunità del montagnanesi fu sconsideratamente abbattuto per far posto alla costruzione dell’attuale chiesa, progettata in stile neoromanico. Nel territorio del Comune si trovano le località Roaro e Prà di Botte, quest’ultima con chiesetta del XVII secolo dedicata a San Biagio, attorniata da ville antiche e da un paesaggio affascinante.